El fundador de la Companyia de Jesús va néixer a la casa-torre de Loiola (Azpeitia) l'any 1491. Era el tretzè i últim fill d'una família rica i poderosa del país. Aviat va morir la seva mare. Poc abans de morir, el pare el va enviar al senyor Juan Velázquez de Cuéllar perquè l'eduqués. Aquest va rebre Iñigo entre els seus fills, donant-li una educació cortesana i cavalleresca. Mort el senyor Juan, el 1517 el va acollir un altre alt parent seu, Antonio Manrique, duc de Nájera i virrei de Navarra. Servint el duc va lluitar defensant el castell de Pamplona contra els francesos, fins caure ferit (20 de maig de 1521).
En la convalescència es va posar a llegir les Vides dels sants i la Vida de Crist, les quals li van fer néixer el desig d'imitar les gestes dels sants i de posar-se al servei de Crist.
A principis de 1522 surt de Loiola en peregrinació a Jerusalem. S'atura a Montserrat on canvia les robes luxoses per les d'un pobre; es consagra a la Verge, fa confessió general i rep d'un monjo benedictí les primeres instruccions espirituals. Passa un any a Manresa, portant al principi una vida d'oració i penitència; després, d'apostolat i assistència als hospitals. En una cova dels voltants escriu les seves primeres experiències, normes i meditacions que conformaran el llibret dels Exercicis espirituals, el codi més savi i universal de la direcció espiritual de les ànimes, segons va dir Pius XI. De nou a Manresa, l'Esperit Sant el va transformar en un dels místics més autèntics de la història.
Continuant la seva peregrinació s'embarca a Barcelona vers Itàlia. De Roma puja a Venècia, sempre captant; i el mateix dux venecià li procura passatge en una nau que va a Xipre, d'on segueix fins a Palestina. Visita els sants llocs de Jerusalem, Betlem, el riu Jordà, el Calvari, etc. A la tornada, convençut que per a la vida apostòlica són necessaris els estudis, comença als 33 anys a aprendre gramàtica llatina a Barcelona, passa després a les universitats d'Alcalá i Salamanca. El febrer de 1528 arriba a París. Allí obté el grau de mestre en arts o doctor en filosofia (abril de 1534) i reuneix al seu voltant alguns universitaris que seran els pilars de la Companyia de Jesús: Fabro, Javier, Laínez, Salmerón, Rodrigues, Bobadilla, amb els quals fa vot d'apostolat, de pobresa i castedat (Montmartre, 15 d'agost de 1534).
Ignasi de Loiola va amb els seus companys a Roma, a oferir-se al Papa. Una profunda experiència mística tinguda pel camí (La Storta, novembre de 1537) el confirma en la idea de fundar una Companyia. Pau III aprova l'Institut de la Companyia de Jesús, innovador en la història del monaquisme, el 27 de setembre de 1540. Mentre els companys d'Ignasi i els seus primers deixebles surten amb missions pontifícies a diversos indrets d'Itàlia, Alemanya i Àustria, Irlanda, l'Índia i Etiòpia; el fundador roman fix a Roma rebent ordres immediates del Papa i comunicant-les als seus fills en innombrables cartes, de les quals en conservem 6.795. Crea el Col·legi Romà (1551), que després es dirà Universitat Gregoriana. Al seu costat sorgeix des de 1552 el Col·legi Germànic, primer seminari de l'Edat Moderna, prototip dels tridentins, els estatuts del qual van ser redactats també per Ignasi.
Als seus fills escampats per tot el món els exhortava a donar exercicis espirituals, mètode eficaç de reforma individual; a ensenyar el catecisme als ignorants, a visitar els hospitals. Els últims anys de la seva vida desplega una activitat molt gran, fundant col·legis orientats principalment a la formació del clergat.
Poques figures de la Contrareforma són comparables a la d'Ignasi de Loiola. Les seves Regles per sentir amb l'Església apleguen el seu pensament. El fundador de la Companyia de Jesús moria a Roma el 31 de juliol de 1556.