Va néixer l'any 973. Era fill d'Enric el Batallador, duc de Baviera, i la princesa Gisela de Borgonya. A la mort del seu pare va ocupar el tron, amb vint-i-dos anys. Era un dels prínceps més instruïts del seu temps. L'1 de gener de l'any 1002 va ser proclamat emperador d'Alemanya. Acabava de morir l'emperador Otó III i, com que no deixava descendència directa, corresponia per dret a Enric ocupar el tron de l'Imperi romanogermànic. Sant Enric va organitzar un formidable exèrcit i a poc a poc va aconseguir imposar la pau a tots els seus dominis fent, a més, tributaris als reis veïns.
Interessat en la reforma espiritual del clergat, l'any 1007 va convocar a Francfurt un concili general per tractar aquest tema. Quan Enric va entrar a la sala del concili es va postrar a terra davant de tots els bisbes en humil i ple reconeixement de la seva potestat en tots els assumptes espirituals; aital gest d'humilitat no l'havia fet cap emperador germànic. Sota la protecció imperial, el concili va dictar severes normes disciplinàries i Enric es va encarregar de fer-les complir.
L'emperador va fundar nombrosos monestirs i noves esglésies. A Alemanya encara es conserven moltes de les grans catedrals aixecades sota el seu regnat. Destaquen sobre les antigues ciutats com autèntiques fortaleses i la seva silueta marca sempre dues torres o dos absis iguals, que simbolitzen els dos poders: l'Església i l'Imperi.
Quan mor a Roma el papa Sergi IV i és elegit successor el papa Benet VIII, aquest és expulsat de Roma per l'antipapa Gregori i es refugia al costat de l'emperador, el qual organitza una marxa sobre Roma per col·locar el Papa a la Santa Seu. El Papa, en agraïment, li regala un globus d'or adornat amb pedres precioses, que representa la seva sobirania sobre el món, i des de llavors aquest va ser el símbol dels emperadors. Sant Enric i la seva esposa van ser ungits i coronats com a emperadors de la cristiandat. Era el 14 de febrer de l'any 1014.
Enric moria el 13 de juliol de 1024. Una gran processó traslladava les seves restes a la catedral de Barnberg, on encara es conserven.