Era fill del sobirà del domini visigòtic a la península Ibèrica Leovigild, i quan aquest últim va quedar com a únic sobirà a tota la península, va associar al govern del regne Hermenegild i el seu germà Recared. Es va casar amb Ingunde, néta de Godsuinta, la segona dona de Leovigild. Tant Leovigild com Godsuinta eren arrians, i també Hermenegild, però no la seva dona. De mica en mica van anar empitjorant les relacions amb Godsuinta, que pretenia que la noia abandonés el catolicisme. Hermenegild, però, n'estava profundament enamorat. La situació va arribar a ser tan tensa que es va arbitrar el recurs que el nou matrimoni s'instal·lés a Sevilla i abandonés Toledo. A Sevilla Hermenegild va destacar com a governant amb categoria de representant reial i no com a sobirà independent. Coincidint amb aquest allunyament de Toledo, el seu pare va incrementar la política religiosa d'unificar en la religió arriana tots els seus súbdits, per aconseguir la fusió de gots i hispanorromans (la majoria d'aquests últims eren catòlics). Un concili de bisbes arrians celebrat a Toledo va facilitar el pas a l'apostasia. Hi va haver defeccions abundants, fins i tot d'alguns bisbes catòlics. Hermenegild, per la seva part, envoltat d'una cort addicta, va veure renéixer la pau domèstica, i la seva dona va poder professar lliurement el catolicisme. L'arribada d'Hermenegild a Sevilla va coincidir amb el pontificat de sant Leandre. Gràcies al tracte amb aquest bisbe i a les reiterades insinuacions de la seva esposa, Hermenegild va anar penetrant en l'autèntica revelació cristiana i coneixent la falsedat de la secta arriana, tan aliena a la doctrina cristiana, i va abjurar de l'arrianisme i es va fer batejar en la fe catòlica amb el nom de Joan. La persecució contra els catòlics desencadenada per Leovigild anava avançant, i Hermenegild va haver de negar-se a la fidelitat al monarca, el seu pare, quan aquest el va reclamar perquè lluités a favor de l'arrianisme. Leovigild cada vegada anava guanyant més adeptes i més territori, fins al punt que Hermenegild, perduda la seva causa, es va haver d'acollir a l'asil d'una església, d'on l'en va treure el seu germà Recared amb la promesa que si es lliurava conservaria la vida. Després d'això va ser empresonat a València, i després d'haver fugit va ser empresonat novament a Tarragona. Aquí van tornar a insistir-li que abjurés del catolicisme i tornés a abraçar la religió arriana, però ell es va manternir ferm en la fe catòlica i es va negar a rebre la comunió de mans d'un bisbe arrià, l'any 585. A conseqüència d'aquesta negativa va ser assassinat al calabós.