Va néixer a Montemayor el Nuevo (Portugal, l'any 1495, en el si d'una família profundament cristiana. Quan tenia 8 anys, no se sap per quins motius, va abandonar la casa dels seus pares i es va traslladar a Espanya. Primer va viure a Oropesa (Toledo), on va fer de pastor de ramats; després es va fer soldat, temps en què es va esvair una mica el seu fervor inicial, però salvat gràcies a la Mare de Déu de la forca, va decidir canviar de vida i va tornar a Oropesa, però es va tornar a allistar a l'exèrcit, i quan va tornar va anar a Ceuta, però per evitar perills per a la seva ànima amb el contacte amb els infidels, va tornar a la península, i es va instal·lar a Gibraltar, on va començar un petit negoci de venda de llibres pietosos i estampes que més que negoci li servia per fer apostolat. Després va anar a Granada, i quan feia uns mesos que hi era, l'any 1537, gràcies a la predicació de Joan d'Àvila, es va convertir definitivament. Per la reacció que va tenir el van prendre per boig i el van tancar en un manicomi, del qual va sortir deixant mostres d'una humilitat a tota prova i d'un esperit de sacrifici extraordinari. A partir d'aquell moment estava completament embogit per Déu, amb el somni de servir-lo cada vegada millor. Va escollir com a director espiritual el pare Joan d'Àvila, al qual va confirmar els seus desitjos de lliurar-se a cuidar malalts. Va llogar una casa i la va convertir en hospital. Demanava almoina per als seus pobres, i recollia tots els malalts que trobava pels carrers per cuidar-los en el seu hospital. Com que sovint canviava els seus vestits pels parracs dels pobres que recollia, el president de la cancelleria de Granada va manar que li fessin una espècie d'hàbit religiós. En aquest moment va passar a dir-se Joan de Déu (fins llavors l'havien anomenat Joan Ciutat). Entre els fets més notables de la seva vida, es diu que es va originar un incendi a l'Hospital Reial de Granada, i que ell va treure els malalts enmig del foc sense que les flames el cremessin. Va morir el 8 de març de 1550. Tenia 55 anys. Va ser beatificat pel papa Urbà VIII el 21 de setembre de 1630, i canonitzat per Innocenci XII el 15 de juliol de 1691.