Era un dels quatre fills de Walter Owen, fuster d’Oxford, del qual va aprendre l’ofici que va combinar amb el de constructor i mestre d’obres. Va ingressar secretament a la Companyia de Jesús l’any 1580. En aquell temps regnava a Anglaterra Isabel I, continuadora de la dura persecució contra els catòlics que havia iniciat el seu pare Enric VIII. L’ocupació principal del Gmà. Owen era construir amagatalls a les cases de nobles catòlics per a protegir i salvar els seus correligionaris enfront dels seus perseguidors. Va salvar de la forca molts preveres, que li van poder agrair la vida i la continuació del seu ministeri. També va salvar moltes famílies catòliques de la confiscació dels seus béns. L’any 1581 va ser empresonat, juntament amb tres companys més, per defensar de la traïció i proclamar la innocència del P. Edmund Champion, després que fos martiritzat. El van torturar perquè denunciés l’amagatall dels preveres que ell mateix havia construït, però no van aconseguir que els digués res. El van deixar lliure perquè un senyor catòlic va pagar el seu alliberament. Durant vint-i-sis anys va viatjar per tot Anglaterra i es va dedicar a construir amagatalls amb una gran ingeniositat. També portava una intensa vida de pietat i pregària. No començava el seu treball abans de rebre la comunió eucarística, i pregava contínuament mentre realitzava el seu ofici. L’any 1594 va viatjar a Londres per acompanyar el P. Juan Gerard, que hi volia comprar una casa. Quan van haver conclós l’operació un criat de la família Wiseman els va traicionar denunciant la seva nova adreça. El P. Gerard i el Gmà. Nicolau van ser arrestats immediatament i empresonats per separat. El Gmà. Nicolau va ser alliberat una altra vegada perquè algú va pagar el seu rescat. A la mort d’Isabel I la va succeir Jaume I, que ja regnava a Escòcia. Indecís de caràcter, va tenir un comportament vacil·lant entre anglicans i catòlics. L’any 1605 va esclatar un complot, anomenat pólvora, instigat pels catòlics. Les sospites de la conspiració van recaure especialment sobre els jesuïtes, i la repressió que va ordenar el rei va ser duríssima. Encara que el Gmà. Nicolau i alguns companys van aconseguir escapar i amagar-se, al final els van arrestar: a alguns els van penjar a la forca, i al Gmà. Owen el van empresonar a la Torre de Londres per torturar-lo i fer-li dir on havia construït amagatalls. Malgrat els cruels suplicis, ell només invocava els noms de Jesús i de Maria. Al final, el seu cos estava extenuat per la tortura, i una hèrnia que tenia va rebentar. El màrtir va morir després d’una terrible agonia el 22 de març de 1606. El papa Pius XI el va beatificar el 15 de desembre de 1929, juntament amb cent trenta-sis companys màrtirs anglesos, preveres, religiosos i laics. El 25 d’octubre de 1970, el papa Pau VI el va canonitzar juntament amb quaranta màrtirs d’Anglaterra i Gal·les.